Uma dúvida corriqueira principalmente entre os advogados é saber quais tributos são pagos de forma centralizada pela matriz e quais tributos são pagos de forma individualizada por cada estabelecimento. Essa informação é essencial para a propositura das ações, diante do princípio da autonomia dos estabelecimentos (art. 127, II, do CTN).

A resposta está no art. 15 da Lei 9.779/1999, que dispõe que serão efetuados de forma centralizada na matriz a apuração e o recolhimento dos seguintes tributos:

- IRRF
- PIS/COFINS (e implicitamente IRPJ/CSLL)

Logo, IPI, ICMS e ISS são recolhidos de forma autônoma sobre cada estabelecimento.